L’examen bactériologique nécessite un échantillon de substance provenant de l’organisme. Il peut s’agir de sang, de pus, d’un liquide d’épanchement. Ces échantillons sont prélevés sur le patient par prise de sang le plus souvent, ou biopsie… Les prélèvements nécessitent quelquefois l’utilisation de matériel médical comme le fibroscope.
L’examen bactériologique comporte deux étapes : l’examen direct au microscope et la mise en culture. Il est pratiqué quand il y des signes d’infection ou dans la surveillance de certaines maladies.